Historia sztuki bonsai zaczyna się w Chinach gdzie po raz pierwszy stworzono miniaturowe krajobrazy i drzewka znane dzisiaj jako bonsai.
Jedna z pierwszych chińskich legend twierdzi, że już w czasach dynastii Hanów (206-220pne) Cesarz Chiński nakazał zbudowanie na dziedzińcu swojego pałacu miniaturowego krajobrazu ukazującego bogactwo i ogrom swojego imperium.
Krajobraz składający się z rozlicznych wzgórz, dolin, rzeki, jeziora i drzew miał zapewnić władcy wgląd na całe imperium z pałacowego okna.
Inna Chińska legenda mówiąca o początkach bonsai sięga do IV wieku naszej ery w której to chiński poeta i urzędnik Guen-ming po przejściu na emeryturę zaczął hodować chryzantemy w płaskich doniczkach.
Niektórzy historycy uważają że był to krok do początków bonsai w czasach dynastii Tang około 200 lat później.

Pierwszy udokumentowany dowód na istnienie bonsai został odkryty w 1972 roku w grobowcu księcia Zhang Huai, z dynastii Tang ( 618-907 ne ).
Dwa malowidła znalezione w grobowcu ukazują służących niosących miniaturowe krajobrazy oraz donicę z drzewem.
Na przełomie XI i XII wieku bonsai trafiło do Japonii sprowadzone przez buddyjskich mnichów.
Przez wiele lat po pojawieniu się miniaturowych drzewek na tej wyspie, sztuka ta była praktykowana wyłącznie przez bogatych obywateli, przez co postrzegana była jako przywilej dla szlachciców. Fakt, że sztuka bonsai ograniczyła się wyłącznie do najbogatszych obywateli Japonii o mało nie spowodowało jej upadku.
Po inwazji Chin na Japonię w XIV wieku sztuka bonsai zaczęła być praktykowana przez wszystkie klasy, dzięki czemu zaczęła gwałtownie zyskiwać na popularności. Japończykom przypisuje się największy rozwój sztuki bonsai , jej technik i doskonalenia. Pierwsza wystawa bonsai w Japonii odbyła się w Tokio w 1892 roku.

Do Europy bonsai przybyło w XIX wieku.
Pierwszy pokaz drzewek bonsai ma miejsce na wystawie Powszechnej w Paryżu w 1878 roku gdzie zdobywa złoty medal. Kolejne międzynarodowe wystawy odbyły się w 1889 i 1900 roku. Zachwyt nad sztuką bonsai stworzył podwaliny do kolejnych międzynarodowych wystaw min. w Londynie w 1909 roku.
Z początku Europejczycy sztukę bonsai postrzegali niechętnie , jako czynność torturującą naturę i otwarcie wyrażali swoje niezadowolenie dla mistrzów sztuki bonsai.
Sytuacja zmieniła się dopiero w latach trzydziestych gdy ostatecznie bonsai zostało sklasyfikowane jako dziedzina sztuki.

Wraz z końcem II wojny światowej , bonsai zaczęło zyskiwać na popularności w Ameryce.
To właśnie amerykańscy żołnierze wracający z Japonii z drzewkami, wywołali zainteresowanie swojego społeczeństwa tą sztuką, mimo że większość drzew przyprowadzonych przez żołnierzy do domu zmarło w krótkim czasie po ich przybyciu.
Nie zniechęciło to jednak ludzi i rozpoczęło okres popularności i pogłębiania wiedzy o pielęgnacji tych niezwykłych drzewek. Sztuka bonsai nie jest tak trudna jak może się wydawać, wymaga jednak cierpliwości i konsekwencji.
Pozwala rozwijać takie cechy jak systematyczność i odpowiedzialność.
Te niezwykłe drzewka dają właścicielowi jeszcze coś wyjątkowego. Jest to poczucie udziału w procesie twórczym, który może trwać przez wiele lat i przechodzić z ojca na syna.
Najstarsze okazy często liczą sporo ponad sto lat, a ich wartość rośnie podobnie jak wartość dzieł sztuki.
Różnica jest tylko taka, że drzewko bonsai nigdy nie jest dziełem skończonym.